1992年4月4日，南通市住房基金管理中心成立，與市住房制度改革領導小組辦公室實行一套機構、兩塊牌子；

　　1992年8月31日，南通市住房制度改革領導小組辦公室更名為“南通市人民政府住房制度改革辦公室”，南通市住房基金管理中心與其合屬辦公，一套機構、兩塊牌子，為副處級建制，掛靠市房地產管理局；

　　2001年11月20日，南通市住房基金管理中心單獨設置，為副處級事業單位，由市房產管理局管理；

　　2002年9月30日，南通市住房基金管理中心更名為“南通市住房公積金管理中心”，為市政府直屬相當副處級事業單位。各縣（市）住房基金管理中心調整為住房公積金業務經辦網點，名稱分別定為“南通市住房公積金管理中心海安管理部”、“南通市住房公積金管理中心如皋管理部”、“南通市住房公積金管理中心如東管理部”、“南通市住房公積金管理中心通州管理部”、“南通市住房公積金管理中心海門管理部”、“南通市住房公積金管理中心啟東管理部”。

　　2003年1月1日，南通市住房公積金管理中心正式按照“統一決策、統一管理、統一制度、統一核算”機構模式開始運行。